故事发生在NGC游戏《塞尔达传说：风之杖》结束数月后，林克、泰特拉和海盗们为了探求新的大陆而出海。不久他们发现了一艘笼罩在迷雾之中的遇难船只，泰特拉只身前去调查结果遭遇危险，而想要营救泰特拉的林克却坠落海中。林克漂流到一座神秘的岛屿，在海浪声以及精灵的鸣叫中苏醒过来。于是，林克在妖精的帮助下，向着泰特拉出事的那片海域出发……